苏木素是从洋苏木中提取的一种染色剂，它在被氧化后生成苏木精，同媒染剂（常用的是三价的铁或铝的盐）一起使用，能够使细胞核染色。

　　苏木素和伊红在组织学上被经常使用，与碘液不同，这是一种长久染色剂。其他常用的含有苏木素的染色剂有磷钨酸苏木素染色剂，也就是磷钨酸与苏木素的混合物。

　　苏木素染色剂经常为组织的研究使用。明矾和三价铁盐常常被用作媒染剂，展示核和细胞质结构。这些媒染剂的原理都是形成媒染剂－染料－组织复合体，从而显示颜色。使用的盐不同颜色也不同：当用铁盐呈现深蓝色颜色沉淀，用铝盐通常显示蓝白色。

　　常用的两种铝苏木素溶液有Ehrlich氏溶液和Harris氏溶液。铝苏木素溶液能够把细胞核染成半透明的浅蓝色，在酸性环境下会迅速变成红色。作为媒染剂使用的钾铝硫酸盐在碱性溶液通常结合与氢氧根形成不能溶解的氢氧化铝。在过量的酸中，氢氧化铝由于缺乏OH-离子而溶解,因此,铝苏木素溶液的酸性溶液变成红色。在铝苏木素溶液染色时，被染色的部分通常转移到一种碱性溶液中，中和酸并释放氢氧根，形成一个不溶的蓝色铝苏木精复合物。

　　由于自来水碱性不十分强，通常用每升含有33.5gNaHCO4和20克的MgSO4，并加入百里香酚兰的溶液代替。使用冷水会减慢染色过程。实际上，使用在10°C之下的冷水甚至可能导致组织呈现红色。