免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation）是以抗体和抗原之间的专一性作用为基础的用于研究蛋白质相互作用的经典方法。是确定两种蛋白质在完整细胞内生理性相互作用的有效方法。其原理是：当细胞在非变性条件下被裂解时，完整细胞内存在的许多蛋白质－蛋白质间的相互作用被保留了下来。如果用蛋白质X的抗体免疫沉淀X，那么与X在体内结合的蛋白质Y也能沉淀下来。目前多用精制的proreinA预先结合固化在argarose的beads上，使之与含有抗原的溶液及抗体反应后，beads上的proreinA就能吸附抗原达到精制的目的。这种方法常用于测定两种目标蛋白质是否在体内结合；也可用于确定一种特定蛋白质的新的作用搭档。

　　其优点为：

　　（1）相互作用的蛋白质都是经翻译后修饰的，处于天然状态；

　　（2）蛋白的相互作用是在自然状态下进行的，可以避免人为的影响；

　　（3）可以分离得到天然状态的相互作用蛋白复合物。

　　缺点为：（1）可能检测不到低亲和力和瞬间的蛋白质－蛋白质相互作用；

　　（2）两种蛋白质的结合可能不是直接结合，而可能有第三者在中间起桥梁作用；

　　（3）必须在实验前预测目的蛋白是什么，以选择最后检测的抗体，所以，若预测不正确，实验就得不到结果，方法本身具有冒险性。